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Paprika peut être appréhendé comme l’aboutissement, voire une volonté de dépassement, d’une démarche amorcée avec Perfect Blue, et dont l’intertextualité trouverait les appuis les plus solides dans la série télévisée Paranoia Agent (2004). Les deux films sont d’ailleurs des adaptations de romans de Yasutaka Tsutsui, qui puise dans ses propres rêves le matériau de son écriture. Les préoccupations thématiques de Kon sont en effet celles qui nourrissent le cinéma moderne depuis Vertigo de Hitchcock (1958) : les illusions de la réalité, la dichotomie entre celle-ci et le rêve, la collision de différents espaces physiques et mentaux, et la nécessité pour les personnages de rouver des repères au sein de ce délitement, rejoignant en cela des cinéastes tels que David Lynch et David Cronenberg (Paprika trouve plus d’une accointance avec Videodrome et Existenz). Paprika chemine ainsi, initialement, selon les codes du thriller et de la science-fiction, qu’il délaisse nettement pour rendre caduque les délimitations en genres, tant la dimension symbolique prend le pas sur la narration. Le rêve contamine le réel (marqué par l’autonomisation progressive de Paprika, l’avatar
onirique d’Atsuko Chiba) l’exploration de la virtualité se fait totale, et la fiction rejoint les désordres de l’inconscient.

Dans le futur, un nouveau traitement psychothérapeutique nommé PT a été inventé. Grâce à une petite machine nommée la DC Mini, il est désormais possible de rentrer dans les
rêves des patients, et de les enregistrer afin de sonder les tréfonds de la pensée et de l’inconscient. Alors que le processus est toujours dans sa phase de test, l’un des prototypes de la DC Mini est volé, créant un vent de panique au sein des scientifiques. La Dr Atsuko Chiba, collègue de l’inventeur de la DC Mini, le Dr Tokita, décide, sous l’apparence de sa délurée alter-ego Paprika, de s’aventurer dans le monde des rêves pour découvrir qui s’est emparé de la DC Mini et pour quelle raison. Rapidement, elle découvre que l’assistant du Dr Tokita, Himuro, a disparu et que plusieurs autres de ses collègues sont en train de devenir fous...